Sistem pengolahan air limbah domestik yang banyak digunakan di setiap rumah tangga di Kabupaten Kudus dengan menggunakan sistem on site system. Sedangkan untuk pengolahan dengan sistem off site yaitu pengolahan air limbah dengan sistem perpipaan hanya ada di beberapa wilayah, hasil kerjasama dengan Pemerintah Kabupaten Kudus melalui Kantor Lingkungan Hidup. Teknologi yang digunakan untuk off site system adalah instalasi pengolahan air limbah ( IPAL ) biodigester yang digunakan untuk melayani kurang lebih 25 orang/unit.Di Kabupaten Kudus telah memiliki IPLT di Desa Tanjungrejo, satu lokasi dengan lokasi TPA di Kecamatan Jekulo. Kapasitas bangunan IPLT dengan jumlah kolam sebanyak 7 unit dengan dimensi panjang 7 meter, lebar 3 meter dan kedalaman 3 meter dilengkapi dengan bak kering yang sampai saat ini masih difungsikan dengan baik. Jumlah truk tinja yang dimiliki Pemerintah Kabupaten Kudus sebanyak 2 unit dengan volume masing-masing 3 M kubik dan 4 M kubik. Frekuensi pembuangan truk tinja ke IPLT sebanyak 3 truk per bulan.